生物质燃料锅炉在运行时需要较高的干燥温度和较长的干燥时间，在进行使用时由于设备中压块原料的含水量是比较高的，在进行使用时尤其其自身不好的密实性也非常容易造成其较高含量的水所以生物质燃料锅炉燃烧过程中就需要较高的干燥温度和较长的干燥时间。生物质燃料锅炉中迎风面积大和悬浮段燃烧份额较大，在进行生产的过程中主要是因为其生物质燃料锅炉的燃料是由原始生物质压缩而成，结构很松散。燃烧时，也容易造成迎风面积大和较大的悬浮段燃烧份额。
生物质燃料锅炉在进行生产的过程中是不能长时间进行停炉的，主要是因为由于设备的炉内的温度水平低，组织稳定的燃烧比较困难，所以长时间停炉容易出现熄灭的现象。
生物质燃料锅炉燃烧过程需要足量空气生物质燃料锅炉燃料着火温度较低，一般在250～350℃温度下挥发分大量析出并开始剧烈燃烧时会需要大量的空气，如果此时空气量不足，容易增大化学不完全燃烧的损失。
生物质燃料锅炉灰熔点低生物质燃料锅炉因燃料里含有较多的碱金属(K、Na)，一般灰熔点较低。当挥发分析出燃尽后，受到灰烬包襄和空气渗透困难的影响，可能会出现焦炭颗粒燃尽困难和燃烧过度缓慢的现象。
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